El Centro de Investigaciones Bonaventuriano (CIB), es una unidad adscrita a la Dirección Académica de la  Universidad, encargado de coordinar la investigación disciplinar e interdisciplinar formativa, básica y aplicada de la institución. El CIB tiene una estructura de funcionamiento sistémico, no jerárquico en el sentido burocrático que respeta la especificidad y autonomía de sus componentes. Su carácter sistémico incentiva el trabajo operativo y busca  garantizar la ejecución correcta de los planes estratégicos para la consecución de las metas trazadas.

La investigación desde el CIB busca privilegiar contextos culturales y geográficos de importancia específica para el desarrollo de la región – de acuerdo a su nivel de vulnerabilidad - en donde la acción conjunta de investigadores y actores sociales puedan desencadenar procesos de intervención social y gestión de nuevas dinámicas de desarrollo social que beneficien el contexto local, regional y nacional.

Es por ello que nuestro énfasis académico e investigativo se propone como aporte a la construcción de estrategias de desarrollo de mediano y largo plazo, consecuentemente, donde se espera tener resultados producto de la madurez del proceso del desarrollo investigativo institucional encauzados a partir de las  distintas disciplinas en la áreas de la salud pública, el desarrollo social, las políticas públicas, el medio ambiente, el desarrollo urbano, el fenómeno de la globalización, la educación y los derechos humanos, entre otras.