El Consejo de Investigación Institucional. Es una unidad de apoyo y asesoría para el fomento de la investigación. Está conformado por:

-  El Director Académico.
-  El Director de Investigaciones, quien lo convoca y preside.
- Los Coordinadores de investigación de las Facultades y de los grupos de investigación no adscritos a las Facultades.

El Comité de Investigaciones de cada Facultad. Órgano asesor de la investigación a nivel de esta unidad académica y sus respectivos programas. Está conformado por el Decano, el Director de Programa, el Coordinador de investigaciones, un representante de los directores de grupo o línea de investigación y un representante líder de los semilleros.

El Grupo de Investigación será entendido como la reunión de personas que comparten un interés en cualquier área del saber; poseen una organización interna que permite el trabajo investigativo común, solidario, corporativo e interdisciplinario de todos sus integrantes; buscando construir conocimiento que genere progreso, desarrollo humano y social; caracterizado por la calidad, la pertinencia, la coherencia, la innovación, la viabilidad, la visibilidad y la aplicabilidad en distintos campos del saber y el debate académico de sus resultados, articulado y proyectado desde las modalidades de investigación.

La Universidad de San Buenaventura cuenta con 17 grupos de investigación disciplinar, 4 grupos interdisciplinares, 2 Institutos y 1 Observatorio.